Kebijakan pemerintah mengenai pupuk subsidi terutama dalam pendistribusian telah dilakukan secara komprehensif mulai dari penyusunan rencana kebutuhan pupuk, harga eceran tertinggi pupuk bersubsidi, sistem distribusi mulai dari produsen sampai ke petani atau kelompok tani. Namun, faktanya masih ditemukan beberapa permasalahan kelangkaan pupuk di lapangan. Terdapat beberapa faktor penyebab, antara lain: Menurut Prof. Tualar Simarmata (2022), faktornya adalah: (a) rendahnya anggaran pupuk subsidi dari pemerintah dibandingkan dengan kebutuhan yang diusulkan petani. Dimana tahun 2020 terdapat sekitar 13,9 juta petani yang mengusulkan kebutuhan pupuk dalam Rencana Definitif Kebutuhan Kelompok (RDKK), sebesar 26,2 juta ton, namun, alokasi anggaran pemerintah hanya mampu untuk memenuhi kebutuhan sebesar 8,9 juta ton; dan (b) masih maraknya mafia pupuk yang mengambil keuntungan besar dari subsidi pupuk tersebut untuk keuntungan pribadi, sebagai akibat besarnya perbedaan harga pupuk subsidi (HET: Harga Eceran Tertinggi) dibandingkan harga komersil.